Kuruluşu bulaşıcı karantina hastalıklarının yayılmasını önlemek temeline dayanan Genel Müdürlüğün tarihçesine başlamadan önce, karantinanın dünyadaki başlangıcı ve eski uygulamalarından söz etmek gerekir.

Bulaşıcı hastalıklarla örgütlü mücadelenin ülkemizde 1800 lü yıllarda başladığı görülmektedir.

II. Mahmut'un emriyle karantina için ilk defa bir meclis (Meclis-i Tahaffuz) toplanarak 1838 yılında göreve başlamıştır. Bu mecliste Meclis-i Tahaffuz-ı Ula (Yüksek Karantina Meclisi) ve Meclis-i Tahaffuz-ı Sanı (Yüksek Karantina Bürosu) olmak üzere iki meclis görev yapmaktaydı.

Meclis, Çanakkale'de Akdeniz yolcularının İstanbul'a gelmeden evvel sağlık kontrolünden geçirildiği ve gerekli tedbirlerin alındığı bir merkez kurdurmuştur. Merkez yetkililerine Akdeniz tarafından gelecek imtiyazlı veya imtiyazsız her gemiye karantina konulması, bu gemilerde bulunan istisnasız herkesin aynı kayda tabi tutulması, karantina sonunda da kendilerine bir vesika verildikten sonra İstanbul'a gitmelerinde bir sakınca bulunmadığının bildirilmesi ,hatta emri dinlemeyenlere zor kullanılması ve karantinadan kaçarak İstanbul'a gelecek gemilerin tekrar boğaza iade edilmesi talimatını vermiştir. Ülkenin her tarafı için bir “Karantina Talimatnamesi” düzenlenerek dağıtımı yapılmıştır.

1839 yılında Meclis-i Tahaffuz-ı Ula Meclis-i Umuru Sıhhiye adını almış, meclisin ilk işi Türkiye ve İstanbul Limanı hakkında bir tüzük düzenlemek olmuş, 26 maddeden ibaret olan bu tüzükte patentalar, gemilerin zorunlulukları, şüpheli veya bulaşık gemiler ve karantina sırasında uyulacak kurallar açıklanmış, 8 Nisan 1840'da da karadan gelecek olanlar için ayrı bir tüzük çıkarılmıştır.

 İdare Merkezini halen aynı amaçla kullanılan Galata' da Kurşunlu Mahzen civarında Yeraltı Camiinin üstünde bulunan bu günkü yerine taşımıştır.

Ülkeler genel sağlık için gerek görülen bazı karantina tedbirlerinin düzenlenmesi için 1851 yılında Paris’te toplanmıştır. Karantina hastalıkları Veba, Kolera ve Sarıhumma ile sınırlandırılmıştır. Aynı toplantıda karantina süresi tüm ülkeler için 15 gün olarak belirlenmiştir.

Meclis-i Umuru Sıhhiye 1914 yılında kapitülasyonlarla beraber kaldırılmış yerine bağımsız Türk doktor ve bilim adamlarının yönetiminde Hudut Sıhhiye Müdüriyeti kurulmuştur. Birinci Dünya Savaşı yenilgimizle

sona erip İstanbul İtilaf Devletleri tarafından işgal edilince 1918 yılında bu

kez çoğunluğu yabancılardan oluşan Beynelmüttefikin Sıhhiye Kontrol İdaresi kurulmuştur.

Bu gelişmeler ışığında ülkemiz Lozan'da bu kapitülasyonu kaldırmak kararlılığındaydı.

Türkiye idaresi tarafından bağışlanan rüsumu sıhhiye geliri bağımsız Türkiye’nin Umuru Sıhhiyesi’ne tahsis edilecek ve Sıhhiye Vekaletince bu husus için tanzim edilecek bir katma bütçede yer alacaktır.

Lozan : 24 Temmuz 1923 tarihinde tanzim edilmiştir.

Buna göre Türkiye 5 sene süreyle danışman unvanı ve Türk memuru olarak 3 Avrupalı doktorun karantina işlemlerinde çalışmasına izin verecektir.

1923 yılında İstanbul geri alındıktan sonra Beynelmüttefikin Sıhhiye Kontrol İdaresi dağıtılmış ve Lozan anlaşmasından sonra yerine "İstanbul Limanı ve Boğazları Sıhhiye Müdüriyeti" kurulmuştur. 1924 yılında bu Müdüriyetin adı "Hudut ve Sevahil Sıhhiyesi Müdüriyeti Umumiyesi" (Hudut ve Sahiller Sağlık Genel Müdürlüğü) olarak değiştirilmiştir.

20 Temmuz 1936 tarihinde Montreux'de imza edilen Boğazlar Rejimi Hakkındaki Mukavelename ile Genel Müdürlüğün görevlerinden olan boğazlardan geçecek gemilerin tabi olacakları koşullar aydınlığa kavuşturulmuştur.

Bu konuda en önemli maddeleri oluşturan 2 ve 3 üncü maddelerin metni aşağıya çıkarılmıştır.

Madde 2- Barış zamanında ticaret gemileri gündüz ve gece bayrak ve yük ne olursa aşağıdaki 3 üncü madde hükümleri saklı kalmak üzere hiçbir işlem olmaksızın boğazlardan geçiş ve gidiş-geliş (ulaşım) tam özgürlüğünden yararlanacaklardır. Bu gemiler boğazların bir limana uğramaksızın transit geçerlerken Türk makamlarınca alınması iş bu sözleşmenin 1 sayılı ekinde öngörülen vergilerden ve harçlardan başka bu gemilerden hiç bir vergi ya da harç alınmayacaktır.

Bu vergilerin ya da harçların alınmasını kolaylaştırmak üzere boğazlardan geçecek ticaret gemileri 3 üncü maddede belirtilen istasyonun görevlilerine adlarını, uyruklarını, tonajlarını, gidecekleri yeri ve nereden geldiklerini bildireceklerdir.

Kılavuzluk ve yedekçilik (römorkörcülük) isteğe bağlı kalmaktadır.

Madde 3- Ege Denizinden ya da Kara Deniz’inden boğazlara giren her gemi Uluslararası Sağlık Kurulları çerçevesinde Türk yasalarıyla konulmuş olan sağlık denetimi için boğazların girişine yakın bir sağlık istasyonunda duracaktır. Bu denetim bir temiz sağlık belgesi (patentası) ya da iş bu maddenin 2. fıkrasındaki hükümlerin kapsamına girmediklerini doğrulayan bir sağlık bildirisi gösteren gemiler için gündüz ve gece olabilen en büyük hızla yapılacak ve bu gemiler boğazlardan geçişleri sırasında başka hiçbir duruş zorunda bırakılmayacaklardır.

İçinde Veba, Kolera, Sarıhumma, Lekeli Humma ya da Çiçek hastalığı olayları bulunan ya da 7 günden az bir süre önce bu hastalık bulunmuş olan gemilerle bulaşık bir limandan 5 kez 24 saatten az bir süreden beri ayrılmış olan gemiler Türk makamlarının gösterebilecekleri sağlık koruma görevlilerini gemiye almak üzere sağlık istasyonunda duracaklardır. Bu yüzden hiç bir vergi ya da harç alınmayacaktır. Sağlık Koruma görevlileri boğazların çıkışında bir sağlık istasyonunda gemiden indirileceklerdir.

Lozan Anlaşması Montreaux Sözleşmesiyle kuruluşu tamamlanan, Dünya Sağlık Örgütü Anayasası'nın 21 ve 22.ci maddeleri uyarınca hazırlanmış ve 6368 sayılı Yasayla onaylanmış Uluslararası Sağlık Tüzüğü ve Umumi Hıfzısıhha Kanunu ile görevleri şekillenmiş Hudut ve Sahiller Sağlık Genel Müdürlüğü tüm kara hudut kapıları, limanlar ve havalimanlarında örgütlenmesine devam ederek hizmetlerini sürdürmektedir.